Căn cứ vào Luật Tổ chức Chính phủ 2025 và Luật Ngân sách nhà nước 2025, Chính phủ đã thống nhất các thay đổi quan trọng nhằm kiện toàn chế độ phụ cấp chức vụ. Các nội dung chính bao gồm:

​        1. Điều chỉnh hệ số phụ cấp lãnh đạo tại các cơ quan chuyên môn Nghị định đã quy định chi tiết bảng hệ số phụ cấp chức vụ mới cho các vị trí lãnh đạo tại Cục, Chi cục thuộc Bộ và các cơ quan địa phương. Cụ thể:

​        • Cục trưởng (tùy theo phân loại) có hệ số từ 1,00 đến 1,10.

​        • Trưởng phòng, Chánh Văn phòng tại các cơ quan khu vực, Chi cục trưởng tại Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh áp dụng hệ số từ 0,70 đến 0,80.

​        • Đối với cơ quan Thanh tra thuộc Bộ: Chánh Thanh tra có hệ số là 1,00 và Phó Chánh Thanh tra là 0,80.

​        2. Bổ sung quy định phụ cấp đối với lãnh đạo cấp xã Một điểm mới đáng chú ý là việc bổ sung khoản 8a quy định riêng về phụ cấp chức vụ cho lãnh đạo UBND xã, phường, thị trấn. Trong đó:

​        • Chủ tịch UBND xã tại Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh áp dụng hệ số 0,70; tại các tỉnh thành còn lại là 0,60.

​        • Phó Chủ tịch UBND xã tại Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh có hệ số 0,60; tại các nơi khác là 0,50.

​        • Quy định này chính thức bãi bỏ các nội dung về phụ cấp chức vụ lãnh đạo cấp xã đã được quy định tại Nghị định số 33/2023/NĐ-CP trước đây.

​

​        3. Hiệu lực thi hành và quy tắc chuyển tiếp

​        • Nghị định có hiệu lực thi hành từ ngày 10/01/2026, tuy nhiên các chế độ phụ cấp quy định tại đây được áp dụng hồi tố kể từ ngày 01/01/2026.

​        • Về việc bảo lưu: Trường hợp cán bộ lãnh đạo đang hưởng phụ cấp chức vụ cao hơn so với quy định mới do sắp xếp tổ chức bộ máy, thì được tiếp tục hưởng (bảo lưu) mức phụ cấp cũ cho đến hết thời hạn bổ nhiệm hoặc bầu cử,.

​        • Về truy lĩnh: Đối với các trường hợp thay đổi từ ngày 01/07/2025 đến trước ngày 01/01/2026, các cơ quan sẽ thực hiện nguyên tắc truy lĩnh phụ cấp và truy nộp bảo hiểm xã hội theo mức hệ số mới quy định tại Nghị định này.​