​1. Thu, nộp phí

Theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Luật Phí, lệ phí năm 2015:

- Phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào ngân sách nhà nước, trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ, phần còn lại nộp ngân sách nhà nước.

- Phí thu từ các hoạt động dịch vụ do đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện được để lại một phần hoặc toàn bộ số tiền phí thu được để trang trải chi phí hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí trên cơ sở dự toán được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt, phần còn lại nộp ngân sách nhà nước.

2. Lập dự toán thu phí

Theo Khoản 4 Điều 11 Thông tư số 342/2016/TT-BTC ngày 30 tháng 12 năm 2016 của Bộ Tài chính quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Nghị định số 163/2016/NĐ-CP ngày 21 tháng 12 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật ngân sách nhà nước, quy định:

Các cơ quan, đơn vị được giao nhiệm vụ thu phí, lệ phí phải lập dự toán thu từng loại phí, lệ phí, chi tiết tổng số thu, số nộp ngân sách, số được khấu trừ và trích lại theo quy định của pháp luật, chi tiết từng loại phí, lệ phí và chi ngân sách của cơ quan, đơn vị theo lĩnh vực, gửi cơ quan quản lý cấp trên trực tiếp tổng hợp, gửi đơn vị dự toán cấp I tổng hợp chung trong dự toán thu, chi ngân sách nhà nước theo quy định.

3. Quản lý, sử dụng phí

- Theo quy định tại Khoản 2 Điều 12 Luật Phí, lệ phí năm 2015, Số tiền phí được khấu trừ và được để lại quy định tại khoản 1 Điều này được sử dụng như sau:

+ Số tiền phí được để lại cho tổ chức thu để trang trải chi phí hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí. Căn cứ tính chất, đặc điểm của từng loại phí, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định mức để lại cho tổ chức thu phí;

+ Số tiền phí để lại được quản lý, sử dụng theo quy định của pháp luật; hàng năm phải quyết toán thu, chi. Số tiền phí chưa chi trong năm được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định.

- Theo Điểm a Khoản 2 Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí, quy định:

Số tiền phí để lại cho tổ chức thu phí quy định tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều 4 Nghị định này được chi dùng cho các nội dung sau đây: Chi thực hiện chế độ tự chủ (đối với cơ quan nhà nước), chi thường xuyên (đối với đơn vị sự nghiệp công lập), gồm:

+ Chi thanh toán cho cá nhân thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí: Tiền lương, tiền công, phụ cấp lương, các khoản đóng góp theo quy định được tính trên tiền lương (trừ chi phí tiền lương cho cán bộ, công chức đã hưởng lương từ ngân sách nhà nước theo chế độ quy định).

+ Chi phí phục vụ cho việc thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí như: Văn phòng phẩm, vật tư văn phòng, thông tin liên lạc, điện, nước, công tác phí theo tiêu chuẩn, định mức hiện hành.

+ Chi sửa chữa thường xuyên tài sản, máy móc, thiết bị trực tiếp phục vụ cho thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí.

+ Chi mua sắm vật tư, nguyên liệu liên quan đến việc thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí.

+ Trích khấu hao tài sản cố định để thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí đối với đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư từ nguồn thu phí.

+ Các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí.

- Theo Điểm e Khoản 4 Điều 4 Thông tư số 76/2023/TT-BTC ngày 29 tháng 12 năm 2023 của Bộ Tài chính quy định về tổ chức thực hiện dự toán ngân sách nhà nước năm 2024

+ Đối với các cơ quan hành chính nhà nước (trừ các trường hợp được cấp có thẩm quyền cho phép thực hiện cơ chế tự chủ tài chính như đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi đầu tư và chi thường xuyên hoặc đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên; các cơ quan, đơn vị được cấp có thẩm quyền giao khoán kinh phí và tự bảo đảm tiền lương): Sử dụng tối thiểu 40% số thu phí (thuộc danh mục phí theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí) được để lại theo chế độ sau khi trừ các chi phí liên quan trực tiếp đến hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí (bao gồm cả chi phí đã sử dụng để thực hiện theo mức tiền lương cơ sở 1,8 triệu đồng/tháng) theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí (không được trừ chi phí trực tiếp phục vụ cho công tác thu trong trường hợp đã được ngân sách nhà nước bảo đảm chi phí cho hoạt động thu).

+ Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và đơn vị sự nghiệp công lập do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên: Đối với số thu phí (thuộc danh mục phí theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí): Sử dụng tối thiểu 40% số thu được để lại theo chế độ sau khi trừ các chi phí liên quan trực tiếp đến hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí (bao gồm cả chi phí đã sử dụng để thực hiện theo mức tiền lương cơ sở 1,8 triệu đồng/tháng) theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí (không được trừ chi phí trực tiếp phục vụ cho công tác thu trong trường hợp đã được ngân sách nhà nước bảo đảm chi phí cho hoạt động thu).

4. Phân bổ dự toán

Theo Điều 5 Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17 tháng 10 năm 2005 quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước; Điều 12, 16 Nghị định số  60/2021/NĐ-CP ngày 21 tháng 6 năm 2021 quy định cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập thì các khoản phí, lệ phí được để lại theo chế độ quy định được phân bổ trong nguồn Kinh phí tự chủ (mã nguồn 13) của đơn vị.